민간임대주택 양도세 혜택과
기준시가 산정 방법

안녕하세요, 과천 세무회계 더마인드 대표 세무사 이혜원입니다.

민간임대주택 등록 상담을 하다 보면 "제 주택이 6억 이하인지 어떻게 판단하나요?", "신축이라 공시가격이 아직 없는데 어떻게 하나요?"라는 질문을 자주 받습니다.

오늘은 ① 민간임대주택 등록 시 양도소득세 혜택, ② 혜택을 받기 위한 요건, ③ 기준시가 산정 방법, ④ 기준시가가 없을 때의 대처법을 관련 법령과 함께 정리해 드리겠습니다.

이 글은 2026년 10월 1일 시행 소득세법 시행령(2026.9.30. 개정)을 기준으로 작성했습니다.

1. 민간임대주택 등록 시 양도소득세 혜택

요건을 갖춘 등록 임대주택(세법상 '장기임대주택')은 양도소득세에서 크게 세 가지 혜택을 받습니다.

장기임대주택의 양도소득세 혜택 3가지

① 거주주택 비과세 특례임대주택은 없는 것으로 보고, 2년 이상 거주한 주택에 1세대1주택 비과세 적용

② 다주택자 중과세 배제임대주택 양도 시 중과세율 미적용, 다른 주택 양도 시 중과 판단 주택 수에서도 제외

③ 장기보유특별공제 70%민간건설임대주택을 2027.12.31.까지 등록하고 10년 이상 임대하면 임대기간 양도차익의 70% 공제

특히 ② 중과세 배제의 의미가 다시 커졌습니다. 다주택자 중과 한시 배제는 2026년 5월 9일 양도분(경과규정 포함)까지만 적용되었기 때문에(시행령 제167조의3 제1항 제12호의2), 지금은 조정대상지역 주택을 팔 때 장기임대주택 해당 여부가 세액을 크게 좌우합니다.

① 거주주택 비과세는 임대기간을 다 채우기 전에 거주주택을 팔아도 적용됩니다(제155조 제21항). 다만 이후 임대기간 요건을 못 채우면, 그 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 안에 비과세로 줄어든 세액을 신고·납부해야 합니다(제155조 제22항).

2. 세법상 장기임대주택의 요건

혜택을 받으려면 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 민특법)에 따른 임대사업자 등록만으로는 부족하고, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호의 요건을 모두 갖춰야 합니다. 현재 신규 등록이 가능한 유형을 기준으로 정리하면 다음과 같습니다.

유형별 기준시가 한도 (임대개시일 당시, 수도권 기준)

장기일반 건설임대 (10년)9억 원 이하

장기일반 매입임대 (10년)6억 원 이하

단기 매입임대 (6년)4억 원 이하

몇 가지 주의할 점이 있습니다.

• 아파트는 매입임대 등록이 막혀 있습니다. 2020.8.18. 민특법 개정 이후 아파트(도시형 생활주택 제외) 매입임대는 신규 등록할 수 없고, 세법도 2020.7.11. 이후 등록 신청분을 제외합니다.
• 6년 단기임대는 새로 생긴 유형입니다. 민특법 제2조 제6호의2의 단기민간임대주택으로, 아파트 매입임대는 여기서도 등록 대상이 아닙니다. 기준시가 한도가 장기일반보다 낮다는 점을 꼭 확인하세요.
• 임대개시일은 세 날짜 중 가장 늦은 날입니다. 기준시가는 바로 이 날짜를 기준으로 판단합니다(시행령 제167조의3 제3항).

임대개시일 = 세 날짜 중 가장 늦은 날

세무서
사업자등록일

+

시·군·구
임대사업자 등록일

+

실제
임대 시작일

세 가지를 모두 갖춘 날 = 임대개시일 → 이 날 기준시가로 판단

「소득세법 시행령」 제167조의3 제3항

"제1항제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제97조의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다."

3. 기준시가 산정 방법

주택의 기준시가는 원칙적으로 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 공시된 개별주택가격 또는 공동주택가격입니다. 이 가격에는 부수토지가 이미 포함되어 있으므로, 토지 공시지가를 따로 더하지 않습니다.

「소득세법」 제99조 제1항 제1호 라목

"주택 — 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, … 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다."

판단 순서는 다음과 같습니다.

STEP 1임대개시일 확정세 날짜 중 가장 늦은 날

STEP 2그 날 고시된 가격 확인4월 말 새 공시 전이면 직전 가격

STEP 3한도와 비교6억/3억 · 단기 4억/2억

1. 임대개시일을 확정합니다. 사업자등록일·임대사업자 등록일·실제 임대개시일 중 가장 늦은 날입니다.
2. 그 날 현재 고시된 가격을 찾습니다. 공동주택가격과 개별주택가격은 매년 1월 1일 기준으로 산정되어 보통 4월 말에 공시됩니다. 새 가격이 공시되기 전에 임대를 개시했다면 직전 가격(전년도 공시가격)을 씁니다.
3. 요건 금액과 비교합니다. 장기일반 매입임대는 6억원(수도권 밖 3억원), 6년 단기임대는 4억원(수도권 밖 2억원) 이하여야 합니다.

「소득세법 시행령」 제164조 제3항

"법 제99조제1항제1호가목부터 라목까지의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다."

예시: 수도권 다세대주택 (2025년 공시가격 5억 8천만 원 → 2026년 6억 2천만 원)

2026년 3월 임대개시4월 말 새 공시 전 → 직전 가격 5억 8천만 원으로 판단 → 6억 이하, 요건 충족

2026년 6월 임대개시새 공시 후 → 6억 2천만 원으로 판단 → 6억 초과, 장기임대주택 아님

또 기준시가 요건은 임대개시일 당시에만 충족하면 됩니다. 등록 후 공시가격이 올라 6억원을 넘더라도 장기임대주택 요건이 사라지지는 않습니다.

4. 기준시가가 없는 경우에는?

신축 다세대·단독주택이나 주거용 오피스텔처럼 임대개시일에 공시된 주택가격이 아예 없는 경우가 있습니다. 이때는 직전 가격도 없어서 위 3번의 방법을 쓸 수 없으므로, 아래 방법 중 하나로 산정합니다.

① 국세청 사전답변: 토지 기준시가 + 건물 기준시가의 합계

국세청은 신축 오피스텔을 주택으로 임대하기 시작한 날 고시된 오피스텔 기준시가가 없었던 사안에서, 토지 기준시가와 건물 기준시가를 합한 금액으로 6억원 이하 여부를 판단한다고 답했습니다.

사전-2025-법규재산-0053 (2025.04.17.)

"「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호가목에 따른 장기임대주택 해당 여부를 판단하는 경우로서, 오피스텔을 주택으로 임대 개시하는 날 당시 「소득세법」 제99조제1항제1호다목에 따라 고시된 오피스텔 기준시가가 없는 경우에는 같은 호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액을 기준으로 기준시가 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하 여부를 판단하는 것임."

사실관계는 다음과 같습니다.

여기서 '가목의 가액'은 토지의 개별공시지가(㎡당 가격 × 대지권 면적)이고, '나목의 가액'은 국세청장이 고시하는 건물기준시가입니다(소득세법 제99조 제1항 제1호). 둘 다 임대개시일 현재 고시된 값을 쓰며, 건물기준시가는 홈택스의 '기준시가 조회' 메뉴에서 계산할 수 있습니다.

공시가격이 없을 때의 임대개시일 기준시가

개별공시지가㎡당 가격×대지권 면적㎡+건물기준시가국세청 고시 · 홈택스 조회=임대개시일 기준시가한도와 비교

참고로 건설임대주택(다목·바목) 규정도 "기준시가의 합계액(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)"이라고 적고 있어, 주택가격이 없으면 토지와 건물의 기준시가를 합산하는 것을 예정하고 있습니다. 사전답변과 같은 논리입니다.

② 법령상 규정: 납세지 관할 세무서장이 평가한 가액

소득세법 제99조 제1항 제1호 라목 단서는 공시가격이 없는 주택의 가격을 세무서장이 평가하도록 하고, 구체적인 방법은 시행령 제164조 제11항에 두고 있습니다.

「소득세법 시행령」 제164조 제11항

"… 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」 제4조제1항 단서에 따라 시장·군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 둘 이상의 감정평가법인등에게 의뢰하여 해당 주택에 대한 감정평가법인등의 감정가액을 고려하여 평가할 수 있다."

즉, 실무에서는 임대개시일 당시의 지방세 시가표준액(취득세·재산세 과세표준이 되는 가액)을 먼저 확인해 보는 것이 가장 간편합니다. 신축 주택은 재산세 과세를 위해 시가표준액이 산정되므로, 시·군·구청 세무과나 위택스에서 확인할 수 있습니다.

③ 어떤 방법을 택해야 할까?

상황별 판단 방법

신축 오피스텔고시된 오피스텔 기준시가가 없으면 토지 + 건물 기준시가 합계로 판단 (사전-2025-법규재산-0053)

공시 전 신축 주택토지 + 건물 합계와 지방세 시가표준액을 모두 계산해 어느 쪽으로도 한도를 넘지 않는지 확인

한도에 가까운 경우등록이나 거주주택 양도 전에 국세청 사전답변을 신청해 불확실성 제거

감정평가는 신중하게감정가액은 보통 기준시가보다 높게 나와 오히려 한도를 넘길 수 있음

사전답변은 오피스텔 사안이므로, 공시 전 신축 다세대·단독주택은 세무서장 평가 규정(②)이 따로 있다는 점을 함께 고려해야 합니다.

5. 정리: 등록 전 체크리스트

• 아파트(도시형 생활주택 제외) 매입임대가 아닌지 확인
• 1주택 이상 보유 상태에서 새로 취득한 조정대상지역 주택인지 확인
• 세무서 사업자등록과 시·군·구 임대사업자 등록을 모두 하고, 임대개시일(세 날짜 중 가장 늦은 날)을 확정
• 임대개시일 현재 고시된 공시가격 확인 (4월 말 새 공시 전이면 직전 가격)
• 고시된 기준시가가 없다면 토지·건물 기준시가 합계로 판단(사전-2025-법규재산-0053), 주택은 지방세 시가표준액도 함께 확인
• 한도(6억/3억, 6년 단기는 4억/2억) 근처라면 등록 전에 사전답변 검토
• 등록 후 임대료 증가율 5%·임대의무기간 관리

기준시가 요건은 등록 시점 하나로 결정되고, 장기임대주택 해당 여부는 거주주택 비과세와 중과세 배제를 함께 좌우합니다. 등록을 고민 중이시라면 등록 전에 꼭 전문가와 검토하시길 권합니다.

세무회계 더마인드는 양도소득세 사전 컨설팅을 통해 임대등록 전 요건 검토부터 양도 시점 설계까지 함께해 드립니다.

관련 법령

출처: 국가법령정보센터 (소득세법 시행령 2026.10.1. 시행본 기준)
본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 작성되었으며, 개별 사안에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 반드시 전문가와 상담하시기 바랍니다.

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