장기임대주택 + 일시적 2주택,
중복 적용될까?

안녕하세요, 과천 세무회계 더마인드 대표 세무사 이혜원입니다.

임대사업자로 등록한 주택이 있는 대표님들께 자주 받는 질문이 있습니다.

"임대주택이 있는데 이사 가려고 집을 하나 더 샀어요. 살던 집 팔면 비과세 되나요?"

이 경우 집이 세 채(거주주택·장기임대주택·대체주택)가 됩니다. '3주택이면 비과세는 어렵겠지' 하고 포기하시는 분들이 많은데, 결론부터 말씀드리면 두 특례를 중첩 적용해 비과세가 가능합니다.

오늘은 과천 세무사 사무실 세무회계 더마인드의 양도소득세 전문 세무사가 국세청 예규와 판례를 직접 인용해 중복 적용 근거와 판단 시 꼭 유의할 점을 자세히 정리해 드리겠습니다.

1. 두 가지 특례, 각각 어떤 제도일까요?

① 장기임대주택 거주주택 특례 (시행령 제155조 제20항)

장기임대주택과 그 밖의 1주택(거주주택)을 가진 1세대가 거주주택을 양도하면, 장기임대주택은 없는 것으로 보고 국내에 1개의 주택을 소유한 것으로 보아 비과세를 판단합니다.

소득세법 시행령 제155조 제20항

"… 장기임대주택 … 과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 … 의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다."

② 일시적 2주택 특례 (시행령 제155조 제1항)

1주택자가 이사 등을 위해 새 집(대체주택)을 먼저 산 경우, 종전주택 취득 후 1년 이상 지나 신규주택을 취득하고 처분기한 내 종전주택을 팔면 1세대1주택으로 봅니다.

문제는 두 특례가 모두 '1주택 + 특례주택'을 전제로 하고 있다는 점입니다. 거주주택·장기임대주택·대체주택 세 채를 가진 경우에도 두 특례를 겹쳐서 적용할 수 있느냐가 쟁점입니다.

2. 국세청 예규: 중첩 적용 가능합니다

국세청은 사전답변에서 이 쟁점을 명확히 정리했습니다. 장기임대주택으로 주택 수를 제외한 뒤 남은 거주주택과 대체주택에 일시적 2주택 특례를 적용할 수 있다는 것입니다.

사전-2020-법령해석재산-0944, 2020.12.14. 요지

"거주주택과 임대주택을 보유한 1세대가 대체주택을 취득하고, 거주주택을 양도한 경우 장기임대주택특례와 일시적2주택 특례의 중첩적용이 가능한 것임"

답변 본문은 더 구체적입니다.

"「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 "장기임대주택"이라 한다)과 2년 이상 보유 및 거주한 그 밖의 주택(이하 "거주주택"이라 한다) 1개를 보유하는 1세대가 거주주택을 취득한 날로부터 1년 이상이 지난 후에 새로운 주택(이하 "대체주택"이라 한다)을 취득하고 대체주택을 취득한 날부터 2년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에는 1세대1주택으로 보아 같은 법 시행령 제154조제1항을 적용하는 것입니다."

사안은 동탄 거주주택(A, 약 5년 7개월 거주)을 보유한 세대가 안양 오피스텔(B)을 주거용으로 임대·등록한 뒤 대체주택(C)을 취득하고 A를 양도한 경우였으며, 공동명의 임대주택인 경우에도 중첩 적용이 가능한지 물었습니다.

※ 답변 당시 처분기한은 '2년 이내'였습니다. 현재는 2026.10.1. 시행 개정 시행령 제155조 제1항에 따라 2년 또는 3년이 적용되므로 양도 시점 기준으로 다시 확인해야 합니다.

3. 그런데 판례는 왜 과세했을까? (비과세 ≠ 중과 배제)

첨부한 판례(수원지법 → 수원고법 → 대법원)는 얼핏 반대 결론처럼 보이지만, 다툰 쟁점은 비과세가 아니라 '고가주택 초과분의 중과'였습니다.

원고는 서울 고가주택(거주주택)을 1세대1주택 고가주택으로 보아 9억원(당시 기준) 초과분에 장기보유특별공제와 일반세율을 적용해 신고했습니다. 과세관청은 장기임대주택과 대체주택까지 합쳐 조정대상지역 1세대 3주택으로 보고 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(+20%)을 적용했습니다.

수원지방법원 2021.11.25. 선고 2021구합64925 판결

"위 조문에는 장기임대주택을 제외하고 1개의 주택을 소유하고 있던 자가 대체주택의 취득으로 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 이를 1개의 주택으로 본다는 특례규정 등이 없어 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호를 유추적용할 수도 없는 점 …"

즉, 당시 중과 배제 규정(시행령 제167조의3 제1항 제10호)은 '장기임대주택을 제외하고 1개의 주택만 소유'한 경우만 예외로 했고, 일시적 2주택까지 1주택으로 봐 주는 규정이 없었기 때문에 중과가 정당하다고 본 것입니다.

• 수원고법 2021누15775 (2023.1.13.) : 국세청 질의회신은 2018.4.1. 중과 규정 시행 전 사안에 관한 것이라 원용할 수 없고, 소급과세·가산세 면제 주장도 배척
• 대법원 2023두32112 (2023.3.30.) : 심리불속행 기각으로 과세 확정
• 대체주택 취득 후 종전주택 양도까지 약 2년 5개월이 걸려 '사회통념상 일시적'이라고 보기도 어렵다고 판단

① 현행 규정은 달라졌습니다

현행 시행령 제167조의3 제1항(2026.10.1. 시행)에는 제13호가 있어 제155조에 따라 1세대1주택으로 보아 비과세가 적용되는 주택으로서 요건을 모두 갖춘 주택은 3주택 중과 대상에서 제외됩니다.

소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호

"13. 제155조 또는 「조세특례제한법」에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택"

다주택자 중과 유예가 2026년 5월 9일로 종료된 지금은 이 '요건을 모두 충족'했는지가 더욱 중요해졌습니다. 하나라도 어긋나면 비과세 상실 + 중과가 한꺼번에 올 수 있습니다.

4. 판단 시 꼭 유의할 점

① 거주주택·장기임대주택 요건부터 확인

• 거주주택 : 보유기간 중 거주기간 2년 이상 (제155조 제20항 제1호)
• 장기임대주택 : 양도일 현재 사업자등록 + 임대사업자 등록 + 임대료 증가율 5% 이하 (같은 항 제2호)
• 2020.7.10. 이후 등록 신청분 등 장기임대주택에서 제외되는 유형이 있으니 등록 시기·유형 확인

② 처분기한은 양도 시점 기준으로

2026.10.1. 개정으로 종전·신규 주택이 모두 조정대상지역이고 2026.8.4. 이후 대체주택을 취득했다면 처분기한은 2년입니다. 그 외에는 3년입니다.

③ 임대의무기간 사후관리

예규 단서도 강조하듯, 비과세를 받은 뒤 임대기간 요건을 채우지 못하면 그 사유가 발생한 달의 말일부터 2개월 이내에 덜 낸 양도소득세를 신고·납부해야 합니다(시행령 제155조 제22항).

④ 직전거주주택이 있다면

이미 거주주택 특례로 다른 집을 판 적이 있고, 지금 파는 집이 임대등록 이력이 있는 '직전거주주택보유주택'이라면 직전 거주주택 양도일 이후 기간분만 비과세됩니다.

⑤ 신고서와 증빙 제출

거주주택 특례를 적용받으려면 과세표준신고서와 함께 임대차계약서 사본, 임차인 주민등록 등본 등 서류를 제출해야 합니다(제155조 제24항). 고가주택이라면 12억원 초과분에 대한 장기보유특별공제·세율 적용까지 함께 검토하세요.

마무리하며

• 장기임대주택 특례와 일시적 2주택 특례는 중첩 적용이 가능합니다 (사전-2020-법령해석재산-0944).
• 다만 고가주택은 초과분 과세 시 중과 여부까지, 현행 제167조의3 제13호 요건 충족을 함께 확인해야 합니다.

임대주택이 있는 상태의 갈아타기는 특례가 두세 개 겹치는 만큼 순서와 기한 하나만 어긋나도 결과가 완전히 달라집니다. 세무회계 더마인드는 양도 전 시뮬레이션으로 비과세·중과 여부와 예상 세액을 미리 계산해 드립니다.

과천·안양에서 임대주택을 보유하며 이사를 계획 중이시라면 계약 전에 언제든 편하게 문의해 주세요. 과천 세무사 · 양도소득세 전문 세무사, 세무회계 더마인드가 함께하겠습니다.

이 글은 2026년 10월 1일 시행 소득세법 시행령(대통령령 제36737호)을 기준으로 작성했으며, 국세청 사전답변과 법원 판결문을 인용했습니다.

관련 법령·해석

출처: 국가법령정보센터 (2026.10. 조회 현행 법령 기준)
본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 작성되었으며, 개별 사안에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 반드시 전문가와 상담하시기 바랍니다.

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